El objetivo del IMD es alcanzar el desarrollo sostenible del deporte cubano en el área de la Medicina del Deporte y alcanzar los niveles máximos de salud y rendimiento deportivo en los atletas activos y retirados. Contribuir con nuestras investigaciones y la calidad de nuestro servicio a la atención de los atletas comprendidos en la pirámide de alto rendimiento, a los atletas retirados y sus familiares, logrando la formación de los recursos humanos altamente calificados, e incrementar la lucha contra el dopaje.